一天晚上，香玉神色惨然，匆匆走进来对黄生说：“咱们就要长别了。”黄生忙问缘由，她只是用衣袖拭泪，说这是定数，不能说出。她呜咽了整夜，天刚亮就走了。黄生十分不解。
第二天，有个姓蓝的即墨人来到下清宫游览，见一株白牡丹长得美，非常喜爱，便叫人把她连根掘起，带走了。这时，黄生才明白，香玉原来是白牡丹花精，但已来不及救她，惆怅叹息不已。
过了几天，听说姓蓝的把花移栽到家里，花一天天枯萎，后来就死了。黄生万分悔恨，作了五十首哭花诗，每天都到白牡丹的土穴旁流泪凭吊。
一天，他又要去凭吊，远远地望见那红衣女子也站在土穴旁哭泣。他慢慢地走过去，她也不再躲避。黄生拉住她的衣襟，两人相对而哭。之后，他请她到书房去，她答应了。
她叹息着说：“从小在一起长大的姐妹，突然永别了，怎不叫人悲恸欲绝听到您也为她哀伤，我更加难过了。泪水流到九泉之下，也许她会再生，可她的神气已散，短时间内是不能同我们一起谈笑了。”
黄生说：“我福小命薄，害了香玉。我曾烦香玉请你光临，为何不愿呢”
绛雪说：“我原以为年少书生，十个有九个是轻薄子弟，没想到你竟是个至情之人。不过我与你交往，只论友情。假如想日夜亲昵，我是不能做的。”说完就要出门。黄生挽留说：“香玉长离，使人寝食俱废。如果你能陪伴我一会儿，也可使我稍微感到宽慰，你怎么如此决绝无情呢”绛雪只得伴他消愁，天明才离开。
之后，一连几天绛雪都没有来。黄生思念香玉，辗转不眠。一天，冷雨敲窗，黄生披衣而起，在灯下吟诵了一首诗。
他忽听窗外有人道：“作诗不能缺唱和。”听话音知道是绛雪来了，开门让她进来，绛雪看了诗即刻续吟一首。
黄生读了，泪如雨下，并埋怨她来的次数太少了。绛雪说：“我不能像香玉那样给你温暖，只能给你一点宽慰罢了。”黄生想与她欢好，绛雪回答道：“相见的欢乐，何必在此”
从此，每当黄生寂寥时，绛雪总是前来。来了二人便宴饮作诗，有时绛雪并不留宿，黄生也不阻拦。黄生常感慨：“香玉是我爱妻，绛雪是我良友啊。”每次黄生都问她：“你是院中第几株希望你早告诉我，我好移到家中，免得你像香玉一样被恶人夺去，遗恨百年。”绛雪说：“故土难移，告诉你也无益。你的妻子尚且不能从终，何况朋友呢”黄生不听她的，强拉着绛雪到院子里，每到一棵牡丹旁就问：“这是你吗”绛雪不答，只是掩口而笑。
腊月里，黄生返回家中。二月的一天，他忽然梦见绛雪忧愁地说：“我有大难临头。你赶快前来，我们还能相见，晚了就见不到了。”黄生醒后很惊异，
连忙让家人备马，星夜赶往下清宫。原来道士要建造房屋，有一棵耐冬树碍事，工匠们正准备砍掉它。黄生急忙阻止。
这天夜里，绛雪过来道谢。黄生笑着说：“你从前不告诉我实情，才遭此大难。如今我已知道了真相，如果你不来，我就拿艾绒烤你了。”绛雪说：“我知道你会这样做的，才不敢告诉你。”二人坐了一会儿，黄生说：“今日面对良友，越发思念艳妻了。好久没有哭香玉了，你能跟我一块去哭她吗”于是他们一起来到牡丹穴处，洒泪凭吊，直到一更将尽，二人才回去。