武田氏衰亡后，信长以近畿为核心，向四周快速扩张。天正10年1582年6月2日，织田氏家臣明智光秀在信长旅途中住宿京都本能寺之夜突然叛变，信长和嫡长子织田信忠先后战死。是为本能寺之变。
事件发生时，信长的另一位重臣羽柴秀吉正在中国地方与毛利氏作战。得知光秀叛变后，在5天之内急行军约200公里史称中国大返还，联合织田氏其他重臣击败明智光秀，是为山崎之战，亦称天王山之战。在决定织田氏继承人的清洲会议上，秀吉支持信忠之子织田秀信继位。日后，秀吉逐步击败反对他的其他织田旧臣。最终，织田信长建立的基业，基本上被羽柴秀吉完全继承。
天正12年1584年，织田信雄和德川家康联合对抗羽柴秀吉，小牧、长久手之战爆发。家康取得胜利，但是秀吉通过一系列外交策略，笼络了家康。秀吉还在石山本愿寺的旧址上建筑居城大坂城。天正13年1585年担任关白一职，次年获赐丰臣之姓，并就任太政大臣，奠定丰臣政权。通过纪州、四国和九州征伐，长宗我部氏、岛津氏归降。天正18年1590年在小田原之战中消灭了后北条氏，并使东北大名降服，完成统一日本的壮举。第二年，秀吉将关白一职让与养子丰臣秀次，自称太阁，以世袭的方式宣示丰臣政权的稳定。政治上通过太阁检地、兵农分离、惣无事令等政策，为之后江户幕府的发展做了一定的铺垫。
天正20年1592年，太阁秀吉为了平息国内土地不足分封的问题，决定出兵攻打明朝。秀吉向朝鲜提出“假道入明”的请求，却遭到朝鲜国王拒绝。于是，秀吉决定先并吞朝鲜，再并吞明朝。同年4月，秀吉派遣16万军人前往朝鲜，文禄之战因而揭开序幕。日军在战争初期处于优势，只花一个月便攻陷朝鲜首都京城今韩国首尔、驱逐朝鲜国王李昖。李昖为了击退日军，遣使向宗主国明朝求援。明朝很快便派出军队赶赴朝鲜救援。这段期间内，朝鲜各地出现义军抗战，其中郭再祐、高敬命的抗战大大激发了朝鲜军队之士气。天正21年1593年1月，明朝、朝鲜联军以提督李如松为首击退日军将领小西行长，收复平壤，虽在碧蹄馆之战因寡不敌众被日本将领立花宗茂、小早川隆景击退，但后来日军因为宇喜多秀家为首转攻幸州山城时遭遇朝鲜将领权栗的抵抗，损失十分惨重。另一方面，李如松改变策略，焚烧日军粮库，日军被迫退至釜山。除此之外，朝鲜水军名将李舜臣亦率领朝鲜水军击退日本水军，日军在海陆受挫的情况下被迫和明朝议和。文禄4年1595年，文禄之役在两方议和下结束。
庆长2年1597年，秀吉再次出兵攻打朝鲜，庆长之役开始。同年2月，明朝再次出兵支援朝鲜，首以明末名将麻贵，与日军加藤清正等人在蔚山交战。朝鲜水军在开战初期被日军击溃，迫使朝鲜再次起用李舜臣抵抗日军。李舜臣在鸣梁海战中击败日军主帅来岛通总，使局势开始扭转。在两军对峙之际，庆长3年1598年7月，太阁秀吉在京都伏见城病逝。日军在五大老的决议下开始撤退。同年11月，明朝、鲜联军又于露梁海战截击大败日军，虽然李舜臣在与岛津义弘交战中中弹而亡，日军因为遭受重大损失，最终撤退回国，庆长之役结束。文禄庆长之役中，丰臣氏及参与战斗的大名消耗了极大的财力，而德川家康由于留守日本本土，并未参战，因此实力得以保存，为之后取代丰臣氏奠定了基础。
关原合战，元和偃武
庆长3年1598年，丰臣秀吉病逝，其幼子丰臣秀赖继任家督，全日本顿时陷入混乱。自朝鲜半岛撤兵回国的丰臣氏诸将由于各自利益的问题，对以石田三成为首的五奉行大表不满，甚至试图起兵暗杀。另一方面，五大老之首德川家康私结诸侯，任意分封领地，激起其余四位大老的不满。庆长4年1599年，四位大老中最有影响力的前田利家病逝，丰臣家臣与德川家康关系迅速恶化。庆长4年1600年，也就是秀吉死后两年，德川家康因上杉景胜家老直江兼续的诉状直江状，起兵征讨上杉景胜，是为会津征伐。