明正德五年，刘六刘七起义爆发，起义军克济宁后，冲入鲁西南，克十县，其中包括曲阜县。起义军并对距曲阜县十里的阙里进行了大肆破坏。
起义被镇压后，因圣人家被破坏而颜面扫地的朝廷痛定思痛，移曲阜城于阙里，将立于被赏赐的土地中间而无遮无挡的孔府包在新建的城砖石墙内，称新城。原曲阜县城则称旧城。
这大概是中国历史上为了保护一个非王族而修建了一座城的故事，空前绝后。
从正德八年开始一直到二十世纪三十年代，曲阜近乎等同于孔府，孔府等同于曲阜。
而从唐懿宗咸通年的孔续为曲阜县令开始，曲阜城的县令只有一个姓氏。间或有县令因作奸犯科，失职不法而去职，但因历代衍圣公保举本家任职县令，朝廷一般都给面子，后来就留下了惯例。
曲阜县令虽然被孔氏把持了好几百年，但形成惯例之后，县令与衍圣公的关系未必好——衍圣公手头紧一紧，县令考绩什么的都完不成。
县令为了考绩全听衍圣公也不行，若全由着不着调的衍圣公，履职不力、包庇不法这两个罪名可不小。
此际县令孔贞教并非与孔尚贤本支，他当县令仅仅是因为本家而已，这家伙与衍圣公孔尚贤近乎水火不容。
隆庆年间，因县令孔承厚妨碍衍圣公孔尚贤管理新城，衍圣公奏请朝廷，称曲阜设立知县完全是冗官冗员：意思是曲阜交由孔府代管即可。县令之职竟可以不设。
作为世代公爵，孔尚贤居然要触碰勋戚不得干政的底线，差点捅了全体御史和给事中的马蜂窝。
朝廷讨论半天，给了孔尚贤一半面子。决定从孔氏廪膳生员中选取四人，经过两次考核后，考选一人授以曲阜知县，住旧城。